По сравнению с флорой Белорусского Полесья флора заповедника более ксерофильна. В ней больше голарктических и евросибирских элементов и меньше европейских.
В заповеднике много редких растений. Из них хвощ большой и молочай язычковый найдены в Белоруссии впервые. В Красную книгу СССР занесены 4 вида - арника горная, пыльцеголовник красный, волчеягодник боровик, осока теневая; в Красную книгу БССР - 18 видов: баранец обыкновенный, хвощ большой, сальвиния плавающая, кувшинка белая, прострел широколистный, зубянка клубненосная, рододендрон желтый, первоцвет весенний, наперстянка крупноцветковая, колокольчики рапунцель и персиколистный, хохлатка полая, касатики безлистный и сибирский, лилия саранка, любки зеленоцветковая и двулистная, дремликтемно-красный.
Флора заповедника представлена лесными, луговыми, болотными, водными и немногими рудеральными видами растений.

Территория Припятского заповедника относится к Полесско-Приднепровскому округу подзоны широколиственно-сосновых лесов. Характерными особенностями этого района являются самая высокая в Белоруссии лесистость (около 55%) и обширные пойменные дубравы уникальные по занимаемой ими площади. Южнополесский комплекс лесных массивов отличает широкое распространение сосновых лесов.
Леса заповедника, как и всего Полесья, по сравнению с лесами остальной части Белоруссии богаче по составу фитоценозов. Важной особенностью их является большое число элементов западноевропейской флоры.
Лесами занята большая часть территории заповедника (53,3 тыс. га). Здесь обычны пять групп лесных формаций: хвойные (54,0%), широколиственные плакорные (12,6), мелколиственные производные (9,1), лиственные коренные болотные (18,7) и пойменные леса (5,6%).

Наиболее распространена сосна, которая занимает 53,8% площади лесов, береза - 18, дубравы - 1.3,6 и черноольшаники - 8,7%. Поистине, жемчужиной заповедника являются дубравы. Они и придают неповторимый колорит полесскому ландшафту. В наиболее живописной северной части заповедника с дубравами соседствуют заливные луга и старицы. Весной, когда пойму Припяти заливают полые воды, впечатляющую картину представляют еще нераспустившиеся могучие кряжистые дубы, на которых строят гнезда прилетевшие белые аисты - символ Полесья.
Ель, граб, ясень, клен и другие породы более редки (5,9%). Болотные леса и кустарники занимают 48,4% покрытой лесом площади. Кроме лесных болот
(25,8 тыс. га) в заповеднике много моховых и травяных болот (7,5 тыс. га) и заболоченных лугов (0,2 тыс. га).

Для ландшафтов заповедника характерны верховые и низинные болота. Болота Белорусского Полесья представляют значительный научный интерес, изучаются и охраняются в рамках международной программы "Телма". Болота - это растительный покров, сохранившийся с позднеледникового времени, местообитание редких и исчезающих видов растений и животных. Общеизвестна и огромная роль болот как важнейшего водорегулятора.

Болота заповедника являются эталоном болот Полесья: только открытые болота составляют около 15% его площади. Такие необлесенные болотные массивы, как Межчи, Млынокский, Кандель и Яловец, занимают 32,2% территории заповедника и тянутся на десятки километров. А вся территория заповедника заболочена наполовину. Разнообразные типы леса в сочетании с разными формами рельефа и почвенными условиями соответствуют нескольким типам ландшафтных структур.
Дюино-бугристые ландшафты с лишайниково-вересковыми борами, злаками, сосновым редколесьем, лишайниковыми борами сменяются плоско-волнистыми ландшафтами бруснично-мшистых сосново-березовых лесов. Плосковолнистые ландшафты с орляково-кисличными сложными борами и суборями с березой и дубом сменяются плоско-западинными ландшафтами с чернично-долгомошными сосново-березовыми лесами. Небольшую площадь занимают плосковолнистые ландшафты с орляково-черничными дубравами.

Интересны западинно-плакорные лесоболотные ландшафты переходного типа заболачивания с открытыми верховыми болотами, поросшими сосновым сфагновым редколесьем, а также багульниковыми сосново-березовыми, осоково-сфагновыми,
травяно-сфагновыми лесами на переходных болотах.

Для западных лесоболотных ландшафтов низинного типа заболачивания характерны открытые осоковые низинные болота, березняки и черноольшаники - травяно-осоковые, болотно-папоротниковые, осоковые, касатиковые и приручейно-травяные.
В ландшафтах неморальных сырых ольхово-дубово-ясеневых лесоврастительность представлена ольшаниками крапивными, дубравами ольхово-крапивными, ясенево-крапивными, снытевыми, кисличными. Особое место в заповеднике занимают лесные ландшафты пойм, к которым относятся прируслово-пойменные, злаково-пойменные, ясенево-пойменные и луговиковые дубравы.

В целом ландшафтная структура заповедника характеризуется выраженной полосчатостью. Геоморфологические комплексы вытянуты вдоль Припяти: затапливаемая пойма реки с пойменными лесами, кустарниками и лугами; низкая надпойменная терраса со слабоволнистым рельефом, покрытая преимущественно широколиственными и сосновыми лесами; заторфованная котловина, северная окраина которой занята эвтрофными и мезотрофными черноольховыми и пушистоберезовыми лесами, а центральная и южная части - сосновыми и безлесными олиготрофными болотами.